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本罪与非法转让、倒卖土地使用权罪的界限
本罪与非法转让、倒卖土地使用权罪都是与土地管理有关的犯罪。二者的不同在于，
(1)客体不同。本罪侵害的是国家对土地特别是耕地进行保护的管理制度;而非法转让、倒卖土地使用权罪侵害的则是国家对土地使用权合法转让的管理制度。
(2)犯罪客观方面不同。非法占用耕地罪是结果犯，表现为违反土地管理法规，非法侵占耕地，数量较大，造成大量耕地毁坏的行为。非法转让、倒卖土地使用权罪则是情节犯，表现为违反土地管理法规，实施了非法转让、倒卖土地使用权，情节严重的行为。其中非法转让土地使用权，是指以买卖以外的其他形式非法转移土地使用权的行为，也即未按国家法律规定程序办理征用或者划拨手续的行为，或者末按规定权限办理审批手续的土地转让的行为。倒卖土地使用权，包括毫不掩饰和明码标价地将土地卖给他人，而收取价款和以某种形式掩盖其土地买卖的实质而将土地卖给他人的两种行为方式。
(3)对二者的处罚虽都采取了判处有期徒刑和罚金的刑罚方法，但前者没有明确确定的罚金标准;而后者则采取的是倍比罚金制的方式以确定罚金的标准。
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(1)非法占用耕地“数量较大”，是指非法占用基本农田五亩以上或者非法占用基本农田以外的耕地lO亩以上。
(2)非法占用耕地“造成耕地大量毁坏”，是指行为人非法占用耕地建窑、建坟、建房、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他非农业建设，造成基本农田5亩以上或者基本农田以外的耕地10亩以上种植条件严重毁坏或严重污染。
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与重大责任事故罪安全责任事故罪的界限
非法采矿罪与重大责任事故罪和重大劳动安全责任事故罪的界限:
非法采矿行为，是由于采矿单位或个人不符合国家规定的采矿条件而在未予以颁发许可证的情况下擅自进行矿产资源开采的，通常缺乏一定的技术设备和科学管理，因而，在非法采矿过程时常伴有重大责任事故和重大安全责任事故的发生。
非法采矿与二罪的不同之处
非法采矿与二罪的不同之处在于，
(1)客体不同。非法采矿罪所侵犯的客体是国家保护矿产资源的管理制度，而重大责任事故罪所侵犯的客体则是社会的公共安全，主要是指企业、事业单位中不特定人员的人身安全和公私财产的安全;重大劳动安全责任事故罪侵害的客体是劳动者的生命健康以及公私财产安全，也即公共安全。
(2)客观方面不同。非法采矿罪在客观上表现为未取得采矿许可证擅自采矿，擅自进入国家规划矿区、对国民经济具有重要价值的矿区和他人矿区范围采矿，擅自开采国家规定实行保护性开采的特定矿种，或者虽有采矿许可证，但不按采矿许可证上采矿范围等要求，经责令停止开采后拒不停止开采，造成矿产资源破坏的行为;而重大责任事故罪在客观上则表现为在生产过程中，不服从管理、违反规章制度，或者强令工人违章冒险作业，因而发生重大伤亡事故，造成严重后果的行为;重大劳动安全责任事故罪则是工厂、矿山、林场、建筑企业或者其他企业、事业单位主管或负责劳动安全的人员对有关部门或单位职工提出的关于劳动安全设施的事故隐患不采取措施，从而造成严重后果的行为。
(3)主体要件不同。非法采矿罪的主体是一般主体，既可以是单位，也可以是自然人，而重大责任事故罪的主体是特殊主体，既包括国营和集体的工厂、矿山、林场、建筑企业或者其他企业、事业单位的职工，还包括群众合作经营组织或者个体经营户的从业人员;重大劳动安全责任事故罪的主体是工厂、矿山、林场、建筑企业或者其他企业、事业单位主管或负责劳动安全的人员。
(4)主观要件不同。非法采矿罪主观上表现为故意，过失不能构成本罪;而重大责任事故罪和重大劳动安全责任事故罪的罪过形式是过失，个别情况下重大劳动安全责任事故罪在主观上不排除放任的、间接故意的罪过形式存在。
