双方的结婚证都丢失了在南京应该怎么办理离婚手续？女方的户口不在男方那里，那应该怎么办理离婚手续？
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离婚登记按地域管辖原则进行管辖。
《婚姻登记工作暂行规范》第五条 婚姻登记管辖按照行政区域划分。
（一）县、不设区的市、市辖区人民政府民政部门办理双方或者一方常住户口在本行政区域内的内地居民之间的婚姻登记。
（二）省级人民政府可以根据实际情况，规定乡(镇)人民政府办理双方或者一方常住户口在本乡(镇)的内地居民之间的婚姻登记。
（三）省级人民政府民政部门或者其确定的民政部门，办理一方常住户口在辖区内的涉外和涉香港、澳门、台湾居民以及华侨、出国人员的婚姻登记。
办理经济技术开发区、高新技术开发区等特别区域内居民婚姻登记的机关由省级人民政府民政部门提出意见报同级人民政府确定。
婚姻登记机关不得违反上述规定办理婚姻登记。
第六条 具有办理婚姻登记职能的县级以上人民政府民政部门和乡(镇)人民政府应当设置婚姻登记处。
省、市、县（市、区）人民政府民政部门、乡（镇）人民政府设置婚姻登记处，应当形成文件，对外公布并报上级民政部门备案。
第七条 省、市、县（市、区）人民政府民政部门和乡镇人民政府设置的婚姻登记处分别称为：××省（自治区、直辖市）民政厅（）婚姻登记处，××市民政局婚姻登记处，××县（市、区）民政局婚姻登记处，××县（市、区）××乡（镇）人民政府婚姻登记处。
县、不设区的市、市辖区人民政府民政部门设置多个婚姻登记处的，应当在婚姻登记处前冠其所在地的地名。
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根据以上规定，双方持户口簿、身份证向原办理婚姻登记的机关或者其中一方常住户口所在地的婚姻登记机关申请补领结婚证。婚姻登记机关对婚姻登记档案进行查证，确认属实的，补发结婚证。
补领结婚证以后，如果双方能对离婚事宜达成一致意见，可以到原办理婚姻登记的机关或者其中一方常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。
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(一)、当事人提交证件和证明材料;
(二)、婚姻登记员查验相应证件和证明材料;
(三)、婚姻登记员向当事人讲明婚姻法关于登记离婚的条件;
(四)、婚姻登记员询问当事人的离婚意愿以及对离婚协议内容的意愿;
(五)、双方自愿离婚且对子女抚养、财产及债务处理等事项协商一致的，双方填写《申请离婚登记声明书》，并在监誓人面前签名;
(六)、夫妻双方亲自在离婚协议上签名;婚姻登记员作监誓人。协议书夫妻双方各一份，婚姻登记处存档一份;
(七)、婚姻登记员对当事人提交的证件、申请离婚登记声明书、离婚协议书进行审查，符合离婚条件的，填写《离婚登记审查处理表》和离婚证;
(八)、颁发离婚证。颁发离婚证应当在当事人双方均在场时按照下列步骤进行：
1、向当事人双方核实姓名、出生日期、离婚意愿;
2、告知当事人双方领取离婚证后的法律关系以及离婚后与子女的关系、应尽的义务;
3、见证当事人本人亲自在《离婚登记审查处理表》“当事人领证签名或按指纹”一栏中签名;当事人不会书写姓名的，应当按指纹。
4、在当事人的结婚证上加盖条型印章，其中注明“双方离婚，证件失效。××婚姻登记处”。注销后的结婚证退还当事人。
5、将离婚证分别颁发给离婚当事人双方，向双方宣布：取得离婚证，解除夫妻关系。
受理协议离婚登记申请的程序:
(一)初审
查验申请离婚登记当事人的相关证件和证明材料;询问当事人离婚意愿以及离婚协议内容的意愿。
(二)受理
1.双方自愿离婚且对、财产及债务处理等事项协商一致的，双方填写《申请离婚登记声明书》;
2.夫妻双方亲自在离婚协议上签名;婚姻登记员作监誓人。协议书夫妻双方各一份，婚姻登记处存档一份。
(三)审查
婚姻登记员对当事人提交的证件、申请离婚登记声明书、进行审查，符合的，填写《离婚登记审查处理表》。
(四)登记(发证)
在当事人的上加盖条型印章，其中注明“双方离婚，证件失效。抚松县民政局婚姻登记处”。注销后的结婚证退还当事人。填写《》，将离婚证分别颁发给离婚当事人双方，向双方宣布：取得离婚证，解除夫妻关系。
