张静律师解答：应按登记的份额进行分割。如下面这个案件，房产证登记了各自的份额为50%，一审法院仍按出资比例来分割，二审法院认为应按登记的份额分割，进行了改判。

判决书节选：

法院认为，本案争议的焦点为双方同居期间购买的203房的处理问题。《物权法》（已失效，现为《民法典》）第九条规定,不动产物权的设立、变更、转让和消灭,经依法登记,发生效力;第一百零四条规定,按份共有人对共有的不动产或者动产享有的份额,没有约定或者约定不明确的,按照出资额确定。根据房地产权证显示,203房登记在魏男和李女名下,双方按份共有,各占二分之一份额。可见,双方对于203房的份额已经有明确约定,并非上述“没有约定或者约定不明确的,按照出资额确定”的情况,分割时应按照房产登记的比例,由魏男和李女各分得一半的权益,并由取得房产的一方支付一半的对价给另一方。一审按照出资比例计算203房的补偿款,实际是按照出资比例分割该房,改变了不动产权属登记的内容,也与双方约定不符,违反了上述规定,该处理不当,本院依法予以纠正。