、实施鉴定的法律依据不同。医疗事故技术鉴定是依据《医疗事故处理条例》以及《医疗事故技术鉴定暂行办法》等规定，而医疗过错司法鉴定与其他司法鉴定相同，依据全国人民代表大会常务委员会《关于司法鉴定管理问题的决定》以及司法部《司法鉴定程序通则》等规定。

2、鉴定的目的不同。医疗事故技术鉴定的目的首先是为了确定医疗行为是否构成医疗事故，其鉴定结论不仅作为民事赔偿证据，也可作卫生主管部门处罚医疗机构的证据，同时还可刑事案件追究相关人员医疗事故罪的证据。医疗过错司法鉴定的目的仅是为了确定医疗行为是否有过错以及该过错与患者的损害后果之间是否存在因果关系，其结果作为医疗人身损害民事赔偿重要的证据。

综上，如果患方仅仅是为了追索民事赔偿，这两类鉴定都可以考虑，至于选择哪类鉴定应当根据案情本身以及可能的鉴定前景来确定，选择鉴定机构前必须充分了解案情、熟悉鉴定标准，然后选择有利的鉴定。如果患者还希望追究医方的行政责任甚至是刑事责任，只能通过医疗事故技术鉴定的途径。需考虑到的是，医疗事故技术鉴定的专家一般均来自本地区内的医疗机构，经常是同行间相互鉴定或相互熟悉，因此容易造成不公平的现象，这也是患方对医疗事故技术鉴定产生心理抵触的原因。目前，医疗事故技术鉴定的案件有逐年下降的趋势，逐步被司法鉴定所取代。但是，根据我们的经验，如果案件的事实非常清楚，医疗活动中存在违反医疗卫生管理法律、行政法规、部门规章和诊疗护理规范、常规的行为非常明显，医疗行为与患者的损害后果之间的因果关系清楚明确且责任比例大，患者的损害后果所对应的医疗事故分级比较高，换算成民事赔偿的数额比较大，这样的案件进行医疗事故技术鉴定对患方来说就比较有利，且有利于追究医方的行政和刑事责任，有利于患方获得相对较多的民事赔偿。

但是，目前司法鉴定机构良莠不齐，违规鉴定及暗箱操作的不在少数，不了解这方面行情的当事人选择鉴定机构时如同下赌注，所以在选择鉴定机构之前应当对拟选择的鉴定机构大体有个了解，最好有熟悉这方面业务的代理人来协助。作为代理人尽量的从自己熟悉了解的鉴定机构中选择，每家鉴定机构有不同的习惯和做法，有不同的思路，如果你熟悉他们的思路，就可以顺着他们的思路选择有利于自己案件的鉴定机构。