根据上诉人的上诉请求及理由，结合各方当事人对一审判决认定事实的意见和相关法律规定，本院归纳本案争议焦点并分析认定如下：

        （一）关于案涉工程结算价款如何确定的问题

        关于案涉合同的效力。《中华人民共和国招标投标法》第三条规定，关系社会公共利益、公众安全的项目必须招标。国家发展计划委员会经国务院批准发布，对案涉工程招投标适用当时有效的《工程建设项目招标范围和规模标准规定》第三条规定，商品住宅属于关系社会公共利益、公众安全的公用事业项目。案涉工程为综合商住楼项目，属于必须进行招投标的项目。根据湟中公交公司从湟中县住房保障和建设局建设工程招标投标办公室调取的案涉工程备案文件，《施工投标文件》《中标通知书》载明的招标人为合x公司，总建筑面积为56732.89㎡，工程价款为79395608.30元，与案涉《建设工程施工合同》载明的发包人、施工面积52800㎡、合同价款11616万元均不一致。且案涉《建设工程施工合同》亦未按照《中标通知书》确定的时间在2014年10月9日前签订。根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条第一款“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议”之规定，发包人合盛分公司、湟中公交公司与承包人恒x公司于2014年12月30日签订的《建设工程施工合同》因违反前述法律强制性规定，应认定为无效合同。对恒x公司主张2014年12月30日《建设工程施工合同》属正常合同变更行为的抗辩依法不予采纳。虽然案涉《建设工程施工合同》属无效合同，但恒x公司已于2017年9月8日将案涉工程向合盛分公司进行了竣工移交。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条的规定，建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。故本案可参照案涉《建设工程施工合同》约定进行结算。

        2018年11月27日，合盛分公司与恒x公司签订了《结算说明》并附有《工程量结算汇总表》。该《结算说明》载明双方已确定工程结算价为128033184元，并就该价款不包含的争议部分单另列出。同年12月7日合盛分公司与恒x公司又达成《关于湟中县公交公司综合商住楼工程结算争议部分协商结果》，明确载明双方就案涉工程在2018年11月27日的争议部分达成一致：建筑面积增加477㎡进行计算；桩基70万元价款，由恒x公司补合盛分公司35万元；钢筋和水泥材料调差267万元，由合盛分公司承担100万元，恒x公司承担167万元。以上《结算说明》和《关于湟中县公交公司综合商住楼工程结算争议部分协商结果》是双方当事人针对工程结算问题经过自主协商最终达成的合意，系双方当事人的真实意思表示，内容并不违反相关法律、法规的强制性规定，合法有效，协议签订当事人应受其约束。在没有充分的证据和事实推翻该约定的情况下，应当尊重当事人的意思自治，按照当事人之间的约定结算工程款。关于增加的建筑面积477㎡，合盛分公司在二审庭审中自认将增加的建筑面积477㎡按照单价2320元/㎡计算工程价款，即合同约定的施工单价2200元/㎡＋消防暖通施工单价120元/㎡。此外，关于基坑支护费用。恒x公司主张基坑支护工程不属于施工合同承包范围，并提交了其交由第三方施工的基坑支护施工合同，该合同虽系复印件，但结合合盛分公司曾代恒x公司向基坑支护施工人宁金刚以房抵付工程款719408元的事实，可以认定基坑支护工程系由恒x公司交由第三方施工完成。根据《建设工程施工合同》13.1条“本合同价款采用可调价格合同，合同价款调整方法：变更＋签证，以及本协议约定的相关内容”之约定，对不属于合同原承包范围的工程变更内容，如有签证单，应当作为工程发生变更进而调整合同价款的有效依据。现双方在施工过程中形成了2017年11月18日《工程签证单》，由合盛分公司签认造价为2226000元，该工程款应当计入案涉工程总价款。

        综上，案涉工程总价款为132715824元（第一次工程结算价128033184元＋477㎡X2320元/㎡＋35万元＋100万元＋2226000元）。一审对材料调差的理解和计算存在错误，导致对工程总价款认定不当，二审予以纠正。

        （二）关于欠付工程款及利息如何认定的问题

        1.关于电梯款应否由恒x公司承担的问题。合盛分公司提交的两份《电梯买卖合同》中，需方即购买方均为合盛分公司，周某某虽有在其中一份合同上签名的行为，但在缺少其他明确意思表示的情况下，合盛分公司仅以该行为不能证明周某某或恒x公司具有认可承担该电梯价款的目的意思和效果意思。此外，案涉《建设工程施工合同》第60页附件1《发包人供应材料及设备一览表》中明确载明材料设备包括大型设备电梯，并约定设备需提前20天向承包人提供材料供应的规格型号等内容，故电梯购置及安装并非合同所约定由承包人“包工包料”的范围。合盛分公司主张由恒x公司承担电梯购置及安装费用与合同约定不符，亦无其他证据证明，此项上诉理由不能成立。

        2.2016年7月28日合盛分公司向恒x公司转账800万元是否已付款的问题。一审中，恒x公司认为，该800万元系恒x公司通过合盛分公司向第三方所借款项，并非工程款。认可该800万元中的250万元为已付款，其余550万元恒x公司的施工负责人周某某偿还了银行借款，故不是已付工程款。对此，二审庭审后合盛分公司提交了2017年1月18日合盛分公司向周某某转账800万元的银行凭证，以证明周某某还存在通过合盛分公司向创投公司借贷的事实，周某某一审提供的5802500元还款凭证偿还的是该笔贷款，而2016年7月28日合盛分公司向恒x公司转账的800万元是工程款。经质证，恒x公司认可了该证据的真实性和证明方向，并认可合盛分公司2016年7月28日所付800万元应计入已付款。本院认为，周某某个人是否与合盛分公司存在委托贷款关系，周某某已偿还贷款数额以及合盛分公司代还数额涉及的法律关系与恒x公司和合盛分公司之间的案涉建设工程施工合同法律关系无关，不应在本案予以处理。现恒x公司认可合盛分公司于2016年7月28日转入恒x公司账户的800万元系工程款，故该笔款项应计入合盛分公司已付款中。因恒x公司与合盛分公司一审对账时，已将该800万元中的250万元计入了双方无争议的已付款总额87226525元。二审经组织各方当事人针对该800万元重新对账，均认可剩余的550万元也应为已付款。故，案涉工程无争议已付款为92726525元（87226525元＋5500000元）。

        3.关于以四楼商铺实际抵工程款数额如何认定的问题。2016年8月14日，合盛分公司作为卖方与恒x公司作为买方签订了《盛世广场商铺购买协议》，双方约定恒x公司以此购房款抵扣合盛分公司应付恒x公司的工程款，房号为四层商铺1室建筑面积5762.91㎡，单价4250元/㎡，总房款为24492368元。因一审恒x公司认可已经出售且实际交付给恒x公司的商铺面积为2222.6㎡价值9446050元，故此款项已抵顶工程款可予认定。根据《中华人民共和国物权法》第六条“不动产物权的设立、变更、转让和消灭，应当依照法律规定登记”的规定，在其余房产既未办理房屋网签手续，也未由周某某或恒x公司确认已出售的情况下，无法证明案涉工程四层商铺除2222.6㎡以外的房产已实际发生物权转移。参照最高人民法院《全国法院民商事审判工作会议纪要》第四十五条“当事人在债务履行期届满前达成以物抵债协议，抵债物尚未交付债权人，债权人请求债务人交付的，人民法院应当向其释明，其应当根据原债权债务关系提起诉讼”的精神，恒x公司有权要求合盛分公司支付剩余未交付房屋对应价值的工程款。合盛分公司主张周某某将四层商铺抵押用以贷款，但办理抵押手续的主体仍为合盛分公司，不能证明产权发生转移的事实。合盛分公司主张已将四层商铺全部房产抵付工程款的上诉理由缺乏事实依据，不予支持。

        4.关于代为支付耿生龙的费用应否由恒x公司承担的问题。合盛分公司主张其于2015年5月13日付耿生龙检查检测费10850元、2015年7月8日付耿生龙检查检测费12200元、2016年7月21日付耿生龙8万元、2016年7月至8月抵耿生龙工程款18万元均应由恒x公司承担，但对此仅提供了耿生龙向合盛分公司出具的两张借条及一张5万元的转账凭证，既不能证明周某某或恒x公司委托合盛分公司向耿生龙付款，亦不能证明耿生龙支出的款项系案涉工程施工产生的合理费用。故合盛分公司的该项上诉理由缺乏事实依据，不予支持。

        5.关于代为支付魏x丑、张x红、张x的费用应否由恒x公司承担的问题。合盛分公司主张其于2017年12月13日向魏x丑代付维修玻璃门窗费15000元、2019年4月22日向魏x丑代付维修玻璃门窗费23800元、2019年5月15日代付漏水赔偿款1200元、2019年6月19日代付维修费2300元，对此仅提供魏x丑出具的两张收条、张x红出具的收据、张x出具的收据及业主起诉状，不能证明费用发生的真实性和合理性。且前述费用属于保修费用，双方质量保修书约定有维修事宜发生需由发包方向施工方履行通知义务的内容。本案中，合盛分公司没有提交证据证明向承包人恒x公司履行了保修通知义务，其主张由对方承担其径自维修发生的费用，依法不能支持。

        6.关于代办消防费用应否由恒x公司承担的问题。合盛分公司主张其代办消防产生各类费用，对此仅提供其自行挂账的凭据。根据《中华人民共和国消防法》第十三条规定：“按照国家工程建设消防技术标准需要进行消防设计的建设工程竣工，依照下列规定进行消防验收、备案：(一)本法第十一条规定的建设工程，建设单位应当向公安机关消防机构申请消防验收；(二)其他建设工程，建设单位在验收后应当报公安机关消防机构备案，公安机关消防机构应当进行抽查”之规定，对案涉工程进行消防验收并向公安机关消防机构申请消防验收的义务人是恒x公司。合盛分公司未提交证据证明恒x公司委托或要求其代办消防验收事宜，也未提供证据证明各类费用发生的真实性和合理性，故合盛分公司的此项上诉理由缺乏事实依据，依法不予支持。

        7.关于以房抵唐老板工程款时超付的230776元应否向恒x公司退还的问题。根据合盛分公司与恒x公司签订的2017年10月18日《补充协议》，双方虽约定向唐老板以房抵工程款的数额超出恒x公司应付款项的部分，由合盛分公司向恒x公司返还，但在该条款之后手写标注有两个数字，没有三方对该数额确认的依据。恒x公司主张返还的230776元也是单方计算，其于庭审后提交的说明亦无相应证据证实。在缺少充分的计算依据，且数额未经三方对账的情况下，恒x公司要求合盛分公司返还230776元，依据不足，不予支持。

        8.关于质保金应否由合盛分公司扣留的问题。鉴于案涉《建设工程施工合同》无效，故双方对质保金返还期限视为未约定。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（二）》第八条第一款第二项的规定，当事人未约定工程质量保证金返还期限的，自建设工程通过竣工验收之日起满二年，承包人有权要求发包人返还工程质量保修金。案涉工程于2017年9月8日完成竣工验收，迄今已满二年。现合盛分公司主张扣留质量保证金，缺乏事实依据和法律依据，二审不予支持。

        综上，合盛分公司欠付款项为30543249元（132715824元－92726525元－9446050元）。因案涉《建设工程施工合同》无效，恒x公司主张以合同中约定的滞纳金条款主张欠付工程款利息没有法律依据，且双方合同中并未对欠付工程价款利息有明确约定。鉴于工程款利息属法定孳息，且合盛分公司存在欠付工程价款的事实，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条“当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息”和第十八条“利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：（一）建设工程已实际交付的，为交付之日……”的规定，案涉工程于2017年9月8日完成竣工验收，并签订了竣工移交证书。故合盛分公司应承担以30543249元为基数自2017年9月8日起按中国人民银行同期同类贷款利率计算至2019年8月19日，自2019年8月20日起按全国银行间同业拆借中心公布的一年期贷款市场报价利率计算至实际付清时止的利息。合x公司作为设立合盛分公司的总公司，亦应对合盛分公司所欠恒x公司工程款及利息承担给付责任。一审法院按双方约定的滞纳金条款认定工程款计息标准有所不当，本院予以纠正。

        （三）关于恒x公司应否承担逾期竣工违约责任的问题

        因案涉《建设工程施工合同》属无效合同，该合同中对违约责任的相关约定对双方当事人不具有约束力，故合盛分公司以该合同条款为依据要求恒x公司承担延期交工违约金的主张，二审依法不予支持。

        （四）关于湟中公交公司应否对欠付工程款承担连带支付责任的问题

        根据湟中公交公司与合x公司签订的《联合开发协议书》，二者之间为合作开发房地产合同关系，由湟中公交公司提供出让土地使用权、合x公司提供资金及负责施工管理相关事宜。《最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条规定：“本解释所称的合作开发房地产合同，是指当事人订立的以提供出让土地使用权、资金等作为共同投资，共享利润、共担风险合作开发房地产为基本内容的协议。”合作开发合同各方按照合同约定各自承担权利义务。“共同投资，共享利润、共担风险”是指合作各方内部关系，而不是指对外关系。债权具有相对性，施工合同只对合同当事人产生约束力，对合同当事人以外的主体不发生法律效力。根据案涉工程经备案的投标文件和中标通知书，与恒x公司建立建设工程施工合同关系的为合x公司。在本案不存在湟中公交公司全面实际参与施工合同实际履行行为的情况下，恒x公司依据不具备法律效力的三方施工合同向湟中公交公司请求给付，缺乏事实和法律依据。湟中公交公司作为合作开发房地产合同中的合作一方对发包人欠付工程价款不承担连带责任。一审法院对此节认定不当，二审予以纠正。

        综上，湟中公交公司的上诉请求和合盛分公司的部分上诉请求成立，本院予以支持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第二项规定，判决如下：

        一、维持青海省西宁市中级人民法院（2019）青01民初489号民事判决第二项，即：驳回青海合x房地产开发有限公司湟中分公司的反诉请求。

        二、撤销青海省西宁市中级人民法院（2019）青01民初489号民事判决第一项，即：青海xx房地产开发有限公司、青海合x房地产开发有限公司湟中分公司、湟xxx运输有限责任公司于判决生效后十五日内支付江苏xx建设集团有限公司工程款37279688.5元和截止2019年8月7日的利息12842852.68元，共计50122541.18元；并支付自2019年8月8日至工程款付清之日止以37279688.5元为基数以日0.05%计算的利息。

        三、青海xx房地产开发有限公司、青海合x房地产开发有限公司湟中分公司于本判决生效后十五日内支付江苏xx建设集团有限公司工程款30543249元及逾期付款利息（以30543249元为基数自2017年9月8日起按中国人民银行同期同类贷款利率计算至2019年8月19日，自2019年8月20日起按全国银行间同业拆借中心公布的一年期贷款市场报价利率计算至实际付清时止）。

        如果未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

        一审案件受理费303788.83元，由江苏xx建设集团有限公司负担9113.66元，由青海xx房地产开发有限公司、青海合x房地产开发有限公司湟中分公司负担294675.17元。反诉案件受理费59722.05元，由青海合x房地产开发有限公司湟中分公司负担。二审案件受理费607577.66元，由青海xx房地产开发有限公司、青海合x房地产开发有限公司湟中分公司负担243031.06元，由江苏xx建设集团有限公司负担364546.6元。

        本判决为终审判决。

        审判长　　刘　俊

        审判员　　余慧玲

        审判员　　王　伦

        二〇二〇年六月三十日

        法官助理　　王雅婷

        书记员　　王立婷