2006年8月29日，甲公司（建设单位）与乙公司（施工单位）签订《建设工程施工合同》，甲公司将某项目的全部土建及安装工程发包给乙公司总承包施工，并约定，工期十一个月，竣工日期为2007年10月14日；工程竣工验收后，乙公司向甲公司移交完整的竣工资料及竣工图纸四套和相应的电子磁盘资料，竣工资料及竣工图纸必须准确真实的反映实际施工情况。乙公司应及时向城市档案馆办理工程资料验收和移交，属于甲公司应提供的资料由甲公司负责及时提供给乙公司，由乙公司汇总整理后移交档案馆，乙公司亦应及时为甲公司直接发包的工程档案资料办理签字盖章手续，因乙公司未按规定向档案馆移交资料，而影响本项目工程竣工验收及取得相关的档案验收合格证明的一切责任，均由乙公司承担；乙公司不得因工程竣工结算原因拖延或拒绝配合甲公司办理工程的竣工验收备案手续；乙公司有责任在工程中间验收、竣工验收、档案验收过程中为甲公司提供与政府相关部门的沟通与协调服务，并为甲公司办理相应手续；因乙公司原因造成工期延误，应赔偿工期延误给甲公司带来的损失，乙公司应按每拖延1日向甲公司支付工程总造价的万分之四计取的违约金，造成甲公司未按时交付所引起经济损失，需赔偿其相应损失。

施工过程中，甲公司均按约支付工程进度款，但乙公司因自身原因，致使工程未能如期竣工。2007年10月16日，双方签署会议纪要，将竣工日期调整为2007年12月20日，同时，将进度款支付比例由80%调整至90%，并设立了60万元的保工期奖励与处罚。2008年2月22日，因工程仍未竣工，故双方又再次签署会议纪要，将竣工日期又调整为2008年3月30日，并重申60万元的保工期奖励与处罚仍有效。但施工单位仍未按期完工，致使甲公司向小业主交房违约，向小业主支付了大量的逾期交房违约金。此外，工程竣工验收后，乙公司又拒不移交工程竣工档案资料，拒不配合办理验收备案手续，致使甲公司违反与小业主商品房买卖合同中关于产证办理的约定，未能将小业主办理商品房权属登记需由甲公司提供的资料报产权登记机关备案，小业主的产证迟迟不能办理，甲公司需向小业主支付大量的逾期提交办理产证登记资料违约金。

2010年10月25日，甲公司在多次要求乙公司履行其应尽之移交竣工档案资料、配合办理验收备案手续等义务未果的情况下，向某省某中级人民法院提起诉讼，要求乙公司移交竣工档案资料、配合办理验收备案手续，要求乙公司支付逾期竣工违约金，要求乙公司支付60万元的保工期违约金，要求乙公司赔偿向小业主承担的逾期交房违约金的损失，要求乙公司赔偿向小业主承担的逾期提交办理产证登记资料违约金的损失等。

本案的争议焦点为，甲公司主张的逾期竣工违约金是否涵盖了60万元的保工期违约金，是否涵盖了甲公司向小业主承担的逾期交房违约金的损失，是否涵盖了甲公司向小业主承担的逾期提交办理产证登记资料违约金的损失。

（一）逾期竣工违约金与60万元的保工期违约金，虽同为违约金，也同与工期相关，但二者的性质、指向不同，故并不存在涵盖关系。

1．逾期竣工违约金是单向约定，是双方关于未按期完工（即2008年3月30日完工），乙公司应按实际延误的工期而应向甲公司承担的违约责任，其计算期间的起始日为2008年3月31日。

2．60万元保工期违约金是双向约定，是双方关于确保2008年3月30日前完工的奖罚约定，即若乙公司在该日前完工，可在工程价款之外另行取得60万元；若乙公司未在该日前完工，则承担60万元的违约金。

3.逾期竣工违约金是按实际逾期天数计算的违约金，是期限违约金，而保工期违约金是关于2008年3月30日时点的违约金。时点违约责任与时点后期限违约金不存在重叠情形。

（二）逾期竣工违约金与甲公司向小业主承担逾期交房违约金的损失，虽一为违约金，一为损失，但二者皆因乙公司逾期竣工这一项违约行为所致，且损失金额小于逾期竣工违约金额，故逾期竣工违约金涵盖了甲公司逾期交房违约金的损失。

（三）甲公司向小业主承担逾期提交办理产证登记资料违约金的损失，是由于乙公司拒不移交竣工档案资料、拒不配合办理验收备案手续的违约行为所致，而非逾期竣工违约行为所致，故逾期竣工违约金不能涵盖甲公司逾期交房违约金的损失。

据此，本案中，甲公司主张的逾期竣工违约金不能涵盖60万元的保工期违约金，不能涵盖甲公司向小业主承担逾期提交办理产证登记资料违约金的损失，而甲公司向小业主承担逾期交房违约金的损失应在支持逾期竣工违约金时予以考虑，并包含在逾期竣工违约金中。

关于甲公司主张的移交竣工档案资料、配合办理验收备案手续，一审法院认为，双方合同约定的交付相关竣工资料条件已经具备，甲公司请求乙公司移交有关整个工程四套完整的竣工档案资料（竣工资料及竣工图四套和相应的电子磁盘资料），并为甲公司办理建设工程竣工档案报送、验收等手续、配合甲公司办理房地产开发项目竣工综合验收备案手续等符合双方的合同约定，本院依法予以支持。

关于甲公司主张的60万元保工期违约金及逾期竣工违约金，一审法院认为，双方在会议纪要中约定的60万元保工期奖励与处罚，系双方在履约过程中为督促合同履行而作的特殊制约，不违反法律、行政法规强制性规定，合法有效，至2008年3月30日乙公司未能按约竣工，甲公司主张该项60万元违约金，应当支持。逾期竣工违约金与60万元保工期违约金系双方当事人在不同情形下分别作出的约定，且60万元保工期违约金系双向约定，即若乙公司可如期完工，可在工程价款之外再取得该60万元，不能如期竣工则由乙公司向甲公司承担60万元违约金，两项约定的性质、指向均不同，乙公司辩称逾期竣工违约金即可涵盖保工期违约金本院不予以支持。

关于甲公司主张的赔偿向小业主承担的逾期交房违约金的损失，一审法院认为，涉案工程项目繁多，乙公司拖延工期必然给作为开发商的甲公司带来直接损失（如逾期向小业主交房）及间接损失，该部分损失在逾期竣工违约金中已经予以考虑，对该项诉讼请求不予支持。

要求乙公司赔偿向小业主承担的逾期提交办理产证登记资料违约金的损失，一审法院认为，甲公司请求判令乙公司赔偿因逾期提交竣工档案资料造成的损失，该项主张系根据与小业主签订的商品房买卖合同进行的预先估算，尚未实际发生，可待实际发生时另行主张。

据此，一审法院判决乙公司向甲公司移交有关整个工程四套完整的竣工档案资料（竣工资料及竣工图四套和相应的电子磁盘资料），并为甲公司办理建设工程竣工验收、备案手续，配合甲公司办理房地产开发项目竣工综合验收备案手续；判决乙公司向甲公司支付逾期竣工违约金588万元；判决乙公司向甲公司支付保工期违约金60万元。

办理此类案件，重点是诉讼请求的组合设置，以及各项证据的充分提交。此外，当工程逾期竣工，施工单位以不移交竣工资料、不配合办理验收备案手续为筹码，要求超额支付工程款，或者要求答应其不合理签证、价款调整，或提出其他不合理要求时，建设单位可以通过及时提起诉讼，以避免损失及与小业主纠纷的进一步扩大。