第一，在法律适用方面。审理一般医疗损害赔偿案件要适用《民法通则》、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》和《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》的有关规定；而审理医疗事故损害赔偿案件则要适用《医疗事故处理条例》及配套的的法规文件。

第二，在医疗鉴定方面。医疗事故损害赔偿案件一律需要医疗事故技术鉴定，而一般医疗损害赔偿案件则可能需要司法鉴定。《高法意见》明确规定：“人民法院需要委托进行医疗事故技术鉴定的，应当委托医学会组织鉴定；需要委托进行其他医疗鉴定的，可以委托具有相应资质的司法鉴定机构组织鉴定。”“一方当事人申请进行有关医疗过错的司法鉴定，而另一方当事人申请进行医疗事故技术鉴定的，人民法院应当委托进行医疗事故技术鉴定并要求提出该申请一方预交鉴定费。”

第三，在损害赔偿方面。一般医疗损害赔偿和医疗事故损害赔偿的最显著区别就表现在赔偿项目、赔偿系数和赔偿数额上的不同。

1、赔偿项目。医疗事故损害赔偿包括11项，而一般医疗损害赔偿包括12项，二者除了在项目计算上存在差异外，后者较前者还增加一项“死亡赔偿金”。

2、赔偿系数。医疗事故损害赔偿要考虑责任程度、原发疾病、事故等级等因素，而一般医疗损害赔偿则要考虑过失参与度、责任程度、损害结果、因果关系、收入差异等因素。虽然根据民法原则上述所有因素都是广义人身损害赔偿纠纷中需要考虑的法律情节，但从我国现行法律规定和司法实践看，二者确实存在明显区别。为使法律法规渐进统一，确定医疗损害赔偿数额，应当综合考虑医疗过失行为在医疗损害后果中的责任程度、医疗损害后果与患者原有疾病状况之间的关系及医疗风险状况等因素。

3、赔偿数额。确定医疗事故损害赔偿标准，应当参照《医疗事故处理条例》第49条至第52条的规定；如参照《医疗事故处理条例》处理将使患者所受损失无法得到基本补偿的，可以适用《民法通则》及相关司法解释的规定适当提高赔偿数额。”“确定一般医疗损害赔偿标准，应当适用《民法通则》及相关司法解释的规定。