小产权房和宅基地房，存在部分交叉，即：部分小产权房同时也是宅基地房，姑且暂时抛开这些双重性质的房屋不论，纯粹的小产权房与纯粹的宅基地房还是有较大区别的，主要体现在如下几点：
1.房屋性质不同。小产权房多为商品房性质，而宅基地房多为农民自住房。 
2.土地审批手续不同。小产权房在兴建时往往并未取得与房屋性质相适应的土地使用证，而宅基地房下面的宅基地往往是合法取得的。
3.房屋登记不同。目前，小产权房已无法向县级以上政府房屋登记机关办理产权登记手续，不能取得合法产权；而农民在合法取得的宅基地上合法建造的房屋，是可以申请登记并取得合法产权的。
4.房屋买卖合同效力不同。小产权房的买卖合同，目前多被认定为无效；而同一农村集体经济组织成员之间为买卖宅基地房而签订的房屋买卖合同，往往被认定为有效合同。