基本案情： 

广州市某局建设水闸泵站占用农村土地，农民要求赔偿青苗补偿广州市某局与建设单位对于青苗补偿问题出现了意见分歧。

法律意见：

首先分清水闸泵站供电工程施工是临时占用土地还是永久占用土地。

如果是临时占用土地则通过两个步骤实施：一是经过国土局批准，二是需要与村民委员会签订临时使用土地补偿合同之后才能临时占用土地进行施工。临时占用土地行政审批程序的确由行政部门出面解决更有效率。但法律并不禁止施工单位向国土局提出临时占用土地审批。

如果是永久占用土地需要申请使用国有土地。申请使用国有土地程序比较复杂。首先建设单位向国务院或省级人民政府申请使用国用土地；其次县级人民政府组织实施土地征收事宜，确定、公告征地补偿安置方案后，听取被征地的农村集体经济组织和农民的意见。征收土地申请事宜应由建设单位完成的，因此如果永久占用土地应当由水务局申请为宜。

青苗补偿问题不同于土地占用申请问题。本来补偿青苗费应有建设单位广州市某局承担，但广州市某局在与施工单位签订施工合同时已明确合同金额包括青苗补偿费。这种约定表明广州市某局意识到了将来自己的补偿义务，并通过付出对价的方式把自己的义务转移给了施工单位，这符合合同法的要求。因此，如果施工单位支付了青苗补偿费则双方都履行了合同义务；如果建设单位支付青苗补偿费则建设单位有权扣除合同金额中相当于青苗费的费用。另外，到底由建设单位还是施工单位支付补偿费其实意义不大。根据施工合同约定“最终结算价以南沙区财政局审定的金额为准”。此约定应该考虑到将来青苗补偿费高低难以确定，因此包括青苗补偿费在内的合同金额应当由财政局据实结算。由此可以看出，如果青苗补偿费过高确实需要考虑合同总金额在合理限度内适当提高。