我国实行的是社会主义法制，对医疗事故的处理一般采取批评教育从严，惩罚处理从宽的原则，大多采用行政手段进行调解。如果调解失败，转由司法机构依法处理。《办法》第20条规定：对造成医疗责任事故的直接责任人员，医疗单位应当根据其事故等级、情节轻重、本人态度和一贯表现，分别给予以下行政处分：
一级医效事故：记大过、降级、降职、撤职、开除留用察看、开除；
二级医效事故：记过、记大过、降级、降职、撤职；
三级医效事故：警告、记过、记大过、降级、降职。
《办法》第21条规定：对造成医疗技术事故的直接责任人员，医疗单位应责令其作出书面检查，吸取教训，一般可免予行政处分；对情节严重的，也应当依照本办法第20条的规定，酌情给予行政处分。
个体开业的医务人员所造成的医疗事故，由当地卫生行政部门根据事故等级、情节、本人态度，除责令其病员或家属一次性经济补偿外，还可以处一年以内的停业或者吊销其开业执照。
无论是刑事、民事、行政责任，经济赔偿是必然的，而且必须由医疗单位承担。但是，我国医院大部分属于事业单位，基本上靠国家财政拨款，收费低廉，基本无营利，根本没有专门用于医疗事故的赔偿款项。如果再拿出款项支付经济赔偿费，势必影响医院的设备更新、智力投资以及正常工作的开展。这是一个亟待解决的问题。有人建议采取建立医疗事故赔偿责任保险制度以解决赔偿费用的的来源问题。具体办法是，由国家卫生部门与保险公司签订医疗事故保险合同，或专门设立一个医疗事故赔偿委员会，其赔偿经费有三个方面的来源：一是各企业单位按其资产总额交纳一定比例的费用；二是卫生部门按照职工工资总额交纳的一定比例的费用（不宜过大）；三是从国家税收中给予一定的补贴。
在医疗事故处理中，以往存着少数病人或其家属借口医疗事故提出过高的赔偿要求，无理要挟医疗单位的情况。《办法》第19条作出明确规定：因医疗事故致残的病员不需要继续住院治疗，产妇死后留有活婴的，由其家属接受出院；无家属的，由其所在单位接受出院。病员在医疗单位死亡后，尸体应立即移放太平间。死者尸体存放时间一般不得超过一周，逾期不处理的尸体，经当地卫生行政部门批准，并报公安部门备案后，由医疗单位处理；火化后的骨灰应通知家属领回。


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