阴某公司章程，涉及股东表决权的约定，属于股东间的内部约定，不发生对外的公示效力，一般以记载股东真实意思表示的版本为准。
我国《公司法》第四十二条、第四十三条也明确规定，允许公司对股东表决权的行使做出不同约定。因此，一些企业在经营中会将出资权与股东表决权适度分离，做出如公司大股东虽持有51%股权，却能享有股东会67%表决权等符合企业实际经营需求的约定。
此外，除了股东表决权，对于涉及公司内部治理的相关内容，诸如董事会、监事会表决权及表决方式，董事、监事、总经理的选任程序等，我国《公司法》均允许股东意思自治。
但想必很多企业都会有这种经历：辛辛苦苦拟定公司章程，结果工商局认为“不合格”，以“与章程范本不符”为由不予备案，即使公司法务人员搬出法条内容与工商局工作人员沟通，窗口也只肯接受固定版本的格式章程。在这种情况下，一些企业会选择签订“阴阳章程”，即除签订一份股东真实意思表示的章程外，再另行签订一份专门用于工商备案的章程（“备案章程”），而实际执行还是以记载了股东真实意思表示的原章程（“真意章程”）为准，我们认为这一做法是可以的，但是要避免以下导致股东真实意思表示不被法院确认的情况。
我们来看一下(2014)南市民二终字第339号案例：
案情简介
2004年6月5日，东某公司与朱某美、刘某雪等10名自然人召开红某棉公司股东会，通过公司章程（章程V1）。该章程规定，10名自然人股东总共出资394.3万，股东享有所有权、分配权和表决权；东某公司以土地使用权出资605.7万，只享有所有权和分配权，放弃表决权。该章程另规定，公司登记事项以公司登记机关核定的为准。
2004年6月8日，红某棉公司全体股东又签署一份公司章程（章程V2）。该章程规定的各股东的出资比例与章程V1相同，但规定股东会由股东按照出资比例行使表决权，这份章程专门用于工商备案登记。
2012年8月，红某棉公司召开股东会，免去朱某林董事职务，并增补莫业华为董事。东某公司与刘某金、许某芳投赞成票，分别占股60.57％ 、3％、1％；李某鸿、刘某德投弃权票，共占股5.43％，其他股东投反对票。红某棉公司以赞成票超过50％占多数通过决议，并到工商部门办理了变更登记。
投反对票的朱某美等六股东诉至法院，认为东某公司不具有表决权，请求法院撤销股东会决议。但南宁市兴宁区法院、南宁市法院最终驳回了其诉讼请求。 Why？
裁判要旨
法院认为：本案的争议焦点在于东某公司对所持红某棉公司60.57%的股份是否具有表决权。如依章程V1东某公司不具有表决权，则该股东会决议未通过；如依章程V2东某公司具有表决权，则该股东会决议通过。
法院认为章程V2的签订时间在后，且章程V1亦规定“公司登记事项以公司登记机关核定的为准”，故法院认定章程V2为红某棉公司各股东最终合意的结果，是当事人的真实意思表示，不违反法律和行政法规的规定，亦未损害他人的利益，应属有效。
结论
该案中，法院并未否认公司股东有权对表决权做出特殊约定，只是因工商登记版本章程签订时间在股东真实意思表示章程签订时间之后，且工商登记版本章程并未明确约定“仅用于工商登记”，因此法院认为备案章程是股东真实的意思表示，并确认了其效力。
由此可见，公司股东如需在章程中对股东表决权，或其他公司内部治理相关的内容做出特殊约定的，应当注意以下问题：
1、章程的签订时间：
记载股东真实意思表示的章程，签订时间应当晚于工商备案章程。
2、章程的效力约定：
对于工商备案版本章程，公司应当就其效力范围做出书面约定，如不便在备案章程内直接写明，可在签订该版章程后就相关问题形成股东会决议，或在真意章程中明确约定，备案章程仅用于工商局登记备案，实际以股东真实意思表示的章程为准。
法律依据
《公司法》 第四十二条、第四十三条
《民法总则》第一百四十六条