因为违反公司制度而被开除是可以申请仲裁的。公司主张员工违反了规章制度，需要承担举证责任。比如公司需要拿出员工违纪的证据和切实有效的规章制度，并且证明该规章制度的制定经过了民主程序、制定流程合法且已经告知了员工，员工对该规章制度签字表示认可。如果公司无法证明以上这些内容，那么可能会构成违法解除劳动合同，需要向支付者支付赔偿金。