公司以员工上厕所过多过长为由辞退员工是否合法，需要根据员工的实际情况进行判断。如果员工每天上厕所的时间，严重超出了正常生理需求，且劳动合同及公司管理规章制度中有明确的规定，那么单位辞退员工是合法的。比如员工每天工作时长为8小时制，其每天上厕所时间长达四个小时，且多次发生这种情况，那么这就属于严重超出正常生理需求。