非法经营所得和违法所得区别在于违法所得是犯罪嫌疑人通过违反的手段获得利益，非法经营所得是没有经营许可证而获得利益，两者都对市场造成一定的影响。
一、非法经营所得和违法所得区别
非法经营所得和违法所得区别是：
违法所得是犯罪嫌疑人违反国家法律所获得的利益，而非法经营是指没有未经许可经营专营证件的一种方式，这是两者本质上的区别，但是两种共同点是都扰乱了市场的秩序。
《刑法》第二百二十五条；违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产：
(一)未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的；
(二)买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的；
(三)未经国家有关主管部门批准非法经营证劵、期货、保险业务的，或者非法从事资金支付结算业务的；
(四)其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。
二、违法所得立案标准
根据法律规定，违法所得立案标准：如果涉嫌非法经营的，销售额5万元以上的，非法所得1万元以上，应当依法追究刑事责任。构成非法经营罪，一般会判处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或单处违法所得一倍以上五倍以下罚金。
三、违法所得没收程序
违法所得没收程序如下：
1.申请的提出：应由犯罪地或犯罪嫌疑人、被告人居住地的市一级检察院，向对应的中级法院提出没收违法所得的申请。
2.法院审查、受理：法院对没收违法所得的申请，应在7日内审查完毕，决定是否受理。决定受理的，应在十五日内发出公告，公告期为六个月。公告范围：应在全国公开发行的报纸或法院的官方网站予以刊登，并在法院公告栏张贴、公示。
3.犯罪嫌疑人、被告人近亲属、其他利害关系人参加诉讼。上述人等应在公告期内申请参加诉讼，可以委托代理人。
4.审理。公告期满后，法院应组成合议庭进行审理。法律快车提示，根据不同情况，法院会作出没收或驳回申请的裁定。
5.终止审理情形：在处理没收违法所得过程中，犯罪嫌疑人或被告人归案的，应当终止审理。