一、 农产品收购凭证的使用
税法对营业执照中有农产品收购业务的纳税人，允许其自行开具由税务机关提供的收购凭证，并允许增值税
一般纳税人按13%的抵扣率，自行计算申报进项税额。由于农产品收购凭证的开具及进项税额的申报都在收购企业一个环节进行，而且农产品收购凭证是目前唯一没有纳入“金税工程”的
增值税抵扣凭证，因而实际使用中难免会存在很多问题。本文就纳税人在使用农产品收购凭证时应注意的有关问题作一初步的探讨：
1、农产品收购凭证的使用范围 农产品收购凭证是由农产品收购企业向农业生产者个人收购免税农产品时使用的。这里的农产品收购企业，应是经工商部门批准，专门从事农产品收购或以农产品为主要生产原料的单位和个体工商户，且在申请领购收购凭证前，须向主管税务机关办理使用收购凭证的资格认定登记；这里的农业生产者个人，不包括从事农产品生产或收购的个体工商户，个体工商户销售农产品，应自行开具或向税务机关申请代开发票；这里的农产品，是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业生产的各种动物、植物的初级产品，其具体范围，财税[1995]52号文《农产品征税范围注释》作了专门规定。
2、农产品收购凭证的开具 纳税人填开收购凭证时，应在收购现场按规定时限、号码顺序，就每一笔收购业务逐笔开具，并逐项填写销货人姓名、地址、身份证号码等。收购凭证应一人（户）一票，不得汇总开具。有些地方在具体执行时，特殊情况下经税务机关批准，也可汇总开具，如广东省，但在收购凭证后须附上购货清单，并对销售者的姓名、身份证号码、货物名称、数量等逐项登记。
3、异地收购农产品时收购凭证的使用 农产品收购凭证也是一种发票，我国的发票管理实行属地原则，因此纳税人前往异地收购农产品不得私自携带收购凭证。实际工作中纳税人异地收购农产品使用收购凭证有以下两种方法：1、长期在异地设立收购点的，应在收购地办理税务登记，并向收购地税务机关申请领购收购凭证；2、临时到异地收购的，可凭所在地税务机关开具的有关证明，向收购地税务机关交纳保证金后领购收购地税务机关的收购凭证。实际中也有在异地收购后，再回机构所在地开具收购凭证的。
4、异地农户上门交售农产品时收购凭证的使用 对于可以到异地销售的农产品，纳税人对于上门交售的农户，可直接向其开具收购凭证。需要注意的是，对于商贩收购农户的农产品再上门交售的，纳税人不得向其开具收购凭证，而应由商贩自行或申请税务机关代开发票。
5、农产品收购凭证的抵扣时间 目前，纳税人可抵扣进项税额的抵扣凭证，除了农产品收购凭证外，都必须自取得的票据开具之日起90天后的第一个
纳税申报期结束前向税务机关申报抵扣，对农产品收购凭证的抵扣时间，目前没有相关文件予以明确，各地税务部门在具体执行时，规定不一，有的参照其他几种凭证的申报抵扣时间，有的规定在收购凭证开具之日起一个月内申报，有的仍按照国税发[1995]15号文关于进项税额申报抵扣时限的规定，即商业企业在收购款已付后、工业企业在收购的农产品入库后方可申报抵扣。对农产品收购凭证的申报抵扣时间，国家有关部门应尽早出台文件作出统一规定。
二、废旧物资销售发票的使用
根据财税[2001]78号《关于废旧物资回收经营业务有关增值税政策的通知》，生产
企业增值税一般纳税人购入废旧物资回收经营单位销售的废旧物资。可按废旧物资回收经营单位开具的由税务机关监制的普通发票上注明的金额，按10%计算抵扣进项税额。
纳税人在使用废旧物资销售发票抵扣进项税额时应注意以下几个问题：
1、使用废旧物资发票抵扣的有关范围 可使用废旧物资发票抵扣进项税额的主体必须是生产企业一般纳税人；可开具废旧物资销售发票的主体必须符合国税发[2004]60号文《关于加强废旧物资回收经营单位和使用废旧物资生产企业增值税征收管理的通知》规定的免税条件，并经主管税务机关免税资格认定的废旧物资回收经营单位；可按10%计算抵扣进项税额的发票，根据国税函[2005]544号的规定，只能是防伪税控系统废旧物资开票子系统开具的“废旧物资销售统一发票”。与农产品收购凭证不同，生产企业不能直接使用废旧物资收购凭证收购废旧物资并计算抵扣进项税额，同时，废旧物资回收经营单位兼营的非废旧物资及收购废旧物资加工后再销售的，不能免税，也不能使用“废旧物资销售统一发票”，而只能开具普通发票，生产企业取得的这类发票不能按10%计算抵扣进项税额。
2、纳税人使用废旧物资发票的几个特殊情况 ⑴实务中经常有纳税人从废旧物资回收经营单位购买旧设备，并且取得了废旧物资经营单位开具的“废旧物资销售统一发票”。应该明确的是，旧设备是旧货而非废旧物资，作为废旧物资回收经营单位，销售旧设备不应该使用“废旧物资销售统一发票”，而应使用普通发票，并按4%的税率减半缴纳增值税。纳税人购买旧设备如果取得“废旧物资销售统一发票”，属于《发票管理办法》中“未按规定取得发票”的情形，首先该设备计提的折旧不能在税前扣除，其次更不能计算抵扣进项税额，同时税务部门还会按发票管理办法中的有关规定进行处罚。⑵纳税人从收购废旧物资的个体工商户或个人处购买废旧物资，因个体工商户和个人经营废旧物资不能免税，也不能使用“废旧物资销售统一发票”，只能自行开具或到税务机关申请代开普通发票，纳税人取得的这类票据不能按10%的税率计算抵扣进项税额。如果要获得进项税额抵扣，根据国税函[2004]895号文《关于取消
小规模纳税人销售货物或者提供应税劳务由税务所代开增值税专用发票审批后有关问题的通知》,可由个体工商户到税务部门申请代开增值税发票（个人不属于小规模纳税人，不能到税务部门申请代开增值税专用发票）。
3、纳税人申报抵扣废旧物资进项税额应注意的事项 纳税人取得废旧物资专用发票，应自废旧物资发票开具之日起90天后的第一个纳税申报期结束前自由市场管税务机关申报抵扣，同时需报送《废旧物资抵扣清单》的纸质及电子信息，经主管税务机关与采集的有关信息稽核比对相符后方可抵扣。
三、运费发票的使用
根据财税[1998]114号文《关于运输费用和废旧物资抵扣进项税额的通知》，增值税一般纳税人外购和销售货物所支付的运费，取得的套印有全国统一发票印章的运输费用结算单据，可按7%的税率计算抵扣进项税额。
纳税人使用运输费用票据抵扣进项税额应注意以下问题：
1、使用运输票据抵扣的有关范围 可使用运费发票抵扣进项税额的主体应是一般纳税人（不限于生产企业）；可开具运费发票的主体可以是属于自开票纳税人的运输单位自行开具的运输发票，也可以是按代开票纳税人管理的单位和个人由税务部门代开的运输发票；可抵扣的运输发票应是一般纳税人销售或采购增值税应税货物所发生的运费；可抵扣的金额限于运费发票上的运费和建设基金，不包括装卸费、搬运费、保险费等杂费，将所有费用合并注明为“运杂费”的运费票据，不得用于抵扣进项税额。
2、纳税人使用运费发票的几种特殊情况
⑴纳税人销售增值税免税货物及销售或采购增值税非应税货物时，其取得的运费发票不得用于抵扣进项税；
⑵纳税人在生产过程中盘运货物而发生的运费，因该项运费不是在销售或采购货物环节发生的，因此也不得用于抵扣进项税额；
⑶出口货物实行增值税“免、抵、退”的生产企业或“先征后退”的外贸企业，其在境内发生的运费，可以用于抵扣进项税额；
⑷纳税人采取邮寄方式销售或采购货物，其取得的邮局包裹票据不能用于抵扣进项税额；
⑸根据国税函[2003]970号文，纳税人接受中国铁路包裹快运公司提供的运输劳务，如果取得的是票据是“中国铁路小件货物快运运单”，可以抵扣进项税额，如果取得的是“中铁快运包裹票”，在能否抵扣问题上，目前各地执行不一，我认为，我国税法有关运费的文件一般采用的是正列举方式，文件上没有列明的不能抵扣，“中铁快运包裹票”不在970号所列可抵扣票据范围，并且其实质属于邮寄费用，因此不能用于抵扣进项税额；
⑹纳税人取得的“国际货物运输代理业专用发票”，以前在能否抵扣问题上各地也执行不一，国税函[2005]54号文明确，国际货物代理业务是国际货运代理企业受托国际货物运输和相关事宜而收取的中介报酬业务，并非运输劳务，因此该票据不得用于抵扣进项税额；
⑺纳税人取得的铁路货运发票上的临管线、新线运输费用，以前国家税务总局曾多次发文明确哪些临管线、新线运输费用可以抵扣进项税额。由于这方面的文件很多，而且我国每年新投入使用的临管线、新线增长较快，这不但给纳税人掌握哪些临管线、新线的运输费用可以抵扣带来困难，也导致铁路运费增值税抵扣政策的不平衡，因此国税函[2005]332文规定，从2005年4月1日起，纳税人采购或销售货物所支付的铁路运费，均可用于抵扣；
⑻有些单位取得的由税务机关代开的运输发票，除了运费外，还有按6.6%的税率征收的税款。6.6%的税率包括：按开票金额的3%征收的营业税，按营业税的7%和3%分别征收的城建税和教育费附加，按开票金额的3.3%征收的所得税。严格说来，税务机关这样代开发票是不规范的，其征收的税款应另行开具税票。由于这些税款应由运输企业承担，因此不得参与计算可抵扣的进项税额；
⑼根据国税发[2004]88号文规定，单位和个人利用自备车辆偶尔对外提供运输劳务的，可以到税务机关代开运输发票。有些单位利用这一条进行税收筹划，在用自备车辆运送本单位自产货物时，将运费从货款中分离出去，到税务机关申请代开运费发票，交3%的营业税，抵扣7%的进项税额。这种筹划方案实际上是不可行的，不但地税部门在代开票时要按次征收营业税，国税部门还会按混合销售一并征收增值税，并不得抵扣进项税额；
⑽一些运输单位利用自备车辆运输销售自有货物，根据财税字[1994]26号文，从事运输业务的单位与个人，发生销售货物并负责运输所售货物的混合销售行为，应征收增值税。所以对从运输单位购买货物的纳税人，如从运输单位取得的是运费发票，或者即使是就运费部分单独开具运费发票，那么既不能抵扣进项税额，并且还属于“未按规定取得发票”的行为。
3、纳税人申报抵扣运费进项税额应注意的问题 纳税人取得的货运发票，应自发票开具之日起90天后的第一个纳税申报期结束前申报抵扣，而不论该款项是否已支付。纳税人申报时，要同时报送《增值税运输发票抵扣清单》纸质和电子信息，由主管国税部门按照税务管理流程与地税部门采集的有关信息稽核比对相符后，方予抵扣。
四、海关完税凭证的使用
海关完税凭证，是进口货物的纳税人在进口货物时由海关代征增值税后取得的进口货物增值税专用缴款书。根据国税发[2004]148号《增值税一般纳税人取得海关进口增值税专用缴款书抵扣进项税额的通知》，纳税人进口货物，凡已缴纳了增值税的，不论货款是否已支付，其取得的海关完税凭证均可作为增值税进项税额抵扣凭证。
纳税人使用海关完税凭证申报抵扣进项税额时，应注意以下问题：
1、自营进出口业务或委托代理进出口业务的外贸企业，须在签订进口合同（包括委托代理进口合同）后五日内报送合同复印件，未按期报送的，其报关进口货物取得的海关完税凭证不得作为抵扣凭证。
2、对于纳税人丢失的海关完税凭证，可赁海关出具的相关证明，向主管税务机关提出抵扣申请。
3、纳税人申报抵扣进项税额时，应同时报送《海关完税凭证抵扣清单》纸质及电子信息，由税务部门与有关信息稽核比对相符后，方予抵扣。另外，海关完税凭证的复印件作为必报资料，应随同《海关完税凭证抵扣清单》一起报送。
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