公司章程是以书面形式记载的、规定公司组织和活动的根本规则的必备法律文件。

公司设立协议，是指发起人在公司设立中订立的、旨在规范公司设立相关事项的协议。

公司设立协议与公司章程之间存在密切联系，二者均以设立公司为目标，在内容上存在相互交叉和重叠。如：二者对公司的名称、注册资本、经营范围等事项都有所涉及。但两者有明显的区别：

1、性质不同。公司章程是公司设立和存续的基础性文件，公司章程居于“公司宪法”的地位，是规范公司组织和活动的重要规则，是公司必备的法律文件。而设立协议属于倡导性条款，即使发起人之间不签订设立协议，也不会导致公司不能设立。因此，设立协议不是设立公司的必备文件。

2、是否要式不同。公司章程必须记载法定事项，缺乏必要记载的法定事项，公司章程无效。而公司设立协议只是记载发起人之间权利义务关系的合同文件，其的成立生效在符合合同法一般规则的情况下，即可成立和生效。

3、相对性不同。公司章程的效力不仅对公司、公司股东、董事、监事及高级管理人员有约束力，有时公司章程的效力还可以及与交易相对人。而公司设立协议的效力仅限于设立协议的当事人之间，对协议以外的人不发生效力。