实务中，确定股权转让价格的方法通常有以下几种：

1、以公司设立时的股权价格作为股权转让价格;

2、以审计、评估的价格作为股权转让价格;

3、双方当事人协商确定转让价格。

以上几种方法均有其可取的方面，但同时也存在一些不足，主要述如下：

(一)将出资额作为股权价格的计价依据

此方法简单明了，便于计算和操作。但是，公司的生产经营活动受经营决策和市场各种不确定因素的影响较大，公司的资产状况往往处于变化当中，随着公司经营的不断变化，股东的出资与股权实际价值往往存在较大的差异。如果对股东的股权未经作价直接以原出资额转让，混淆了股权与出资的区别，往往导致股权的价值大大脱离了实际。

(二)以审计、评估价作为股权转让价格

该方法通过对公司会计账目、资产负责的清理核实，能够较为准确地体现公司的资产状况。

如果采用评估方式，需要支付的评估费用往往都是不小的数额，无论对股东还是公司或是受让人都是一笔不轻的额外负担。尤其是在小股东欲转让股权时，对小股东来说，如果主张以评估方式确定股权转让价格，就有可能出现小股东的转让所得连评估费用都不足以支付的极端情形，这样的结果肯定是任何小股东都难以接受的。因此，该种股权转让价格确定方式现实可行性就被大大的削弱了。

(三)双方当事人协商确定转让价格

由双方当事人协商确定转让价格，最能体现当事人意思自治原则。缺陷是：作为利益相对方的当事人，在信息不充分、不对称的情况下，往往很难达成一致意见，故此种方式被使用的几率也较小。

基于上述原因，实务中往往综合采用。例如，综合采用评估方式和协商方式。评估确定股权转让的基准价格，再由双方在此基础上协商确定转让价格。