例如：甲公司拖欠乙货运代理公司几笔运费，包括航空和铁路的出口运输，乙公司便扣押了甲公司的货物，甲公司为了尽快交付货物给客户与乙方补签了协议书，约定了拖欠的运费总金额和分批支付及约定双方产生纠纷可以向甲公司所在地法院起诉解决，支付第一笔运费甲方获得货物放行后，甲公司就拒绝支付后面的运费，双方产生纠纷，起诉到法院。

管辖法院：本案货运代理合同纠纷是因代理货物出口运输引起，合同的履行地有在国外的，虽然两家公司注册地址都是在深圳市，且合同约定了可以由甲方所在地法院管辖，但甲方所在地法院以属涉外的商事案件不受理。根据《最高人民法院关于涉外民商事案件诉讼管辖若干问题的规定》的规定，第一审涉外合同纠纷案件由中级法院管辖。而最高院又批复同意由深圳前海合作区人民法院集中管辖深圳市辖区一审涉外、涉港澳台商事案件，同时《民事诉讼法》规定，协议管辖不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。本案货物目的地在国外，目的地是合同履行地属涉外案件，所以深圳前海合作区人民法院有管辖权。

涉及海运的货运代理合同纠纷：本案未涉及到海运，如涉及到海运的货运代理合同纠纷，即使涉外的深圳前海合作区人民法院管辖也不受理，由管辖本辖区海事案件的海事法院受理。根据《最高人民法院关于海事法院受理案件范围的规定》第25条“海上、通海可航水域货物运输合同纠纷案件，包括含有海运区段的国际多式联运、水陆联运等货物运输合同纠纷案件”，第27条“海上、通海可航水域货运代理合同纠纷案件”，因此涉及到海运的货运代理合同纠纷或货物运输合同纠纷，由海事法院受理。深圳辖区的内海事案件可向广州海事法院深圳法庭提交立案材料。